1. FAT (File Allocation Table): این فایل سیستم که FAT16 هم نامیده می شود، از ابتدایی ترین فایل سیستم های دنیای کامپیوتر به حساب می آید. FAT به طور ذاتی از کلاسترهای 32 بیتی استفاده می کند و از لحاظ امنیت و کارایی، نسبت به سایر فایل سیستم های در سطح پایین تری قرار دارد. FAT با سیستم عامل های win me, win 9x, win 3.x, dos و برخی سیستم عامل های os/2 و unix سازگاری دارد. از معایب بزرگ FAT می توان به عدم پشتیبانی از هارد دیسک های با حجم بالا اشاره کرد. ضمناً اندازه هر پارتیشن هم نمی تواند بیشتر از 2047MB باشد.

2. FAT32: نسخه توسعه يافته FAT16 مي باشد كه به منظور سازگاري با نسخه هاي جديد ويندوز و نيز پشتيباني از هارد ديسك هاي با حجم بالاتر طراحي شد. FAT32 از نظر امنيت و كارايي بسيار بهتر از FAT طراحي شده و حتي مي تواند از كلاستر هاي 4 بيتي نيز استفاده كند و اين امر موجب مي شود تا حجم بشتري در اختيار كاربران قرار گيرد. بدين معنا كه هم از هاردهاي با ظرفيت بيشتر پشتيباني مي كند و هم اندازه فايل ها در اين فايل سيستم كمتر از FAT مي باشد. FAT32 قابليت سازگاري با سيستم عامل هاي win xp, win 2k, win nt, win me, win 9x, dos 7.0 را دارا مي باشد. از معايب FAT32 مي توان به عدم توانايي در تعريف سطح دسترسي، نداشتن Recycle bin مجزا، امنيت پايينتر نسبت به NTFS و ... اشاره كرد.

3. NTFS (New Technology File System): اين فايل سيستم به منظور تأمين امنيت بيشتري طراحي شده و داراي انعطاف پذيري بيشتري نسبت به فايل سيستم هاي قبل مي باشد. NTFS قابليت پشتيباني از هارد ديسك هاي با ظرفيت بالا و امروزي را فراهم نموده است و نيز قابليت هاي امنيتي بسيار خوبي را در اختيار كاربراي قرار داده است، مانند: تعريف سطح دسترسي به اطلاعات براي هر كاربر، ايجاد Recycle bin مجزا براي هر كاربر، دارا بودن قابليت جيره بندي ديسك (Disk Quota) و فشرده سازي و ... .

NTFS توان پشتيباني از ويندوزهاي Vista, xp, nt , 2k را دارد، بدين معنا كه پارتيشن مخصوص ويندوزهاي فوق مي تواند NTFS باشد.

مي توان پارتيشن هاي FAT32 را بدون هيچ نرم افزار جانبي و با اجراي دستور زير در Cmd ويندوز به NTFS تبديل نمود:

convert x:/fs ntfs

(x نام درايوي است كه قصد تبديل فايل سيستم آن را از FAT32 به NTFS داريم.)

:پارتيشن هاي NTFS در ويندوزهاي 9x , 3.x و dos ديده نمي شوند. همينطور پارتيشن هاي FAT32 با حجم 2 GB به بالا در dos و win 3.x قابل رؤيت نمي باشند.

4. EX2/EX3 (EXercize 2/3): اين دو نوع فايل سيستم ويژه سيستم عامل Linux, unix هستند. EX2/EX3 از لحاظ امنيت فوق العاده قدرتمند هستند و نيز قابليت پشتيباني از هارد ديسك هاي تا حجم 4 TB را دارند.EX2 سيستم فايل استاندارد يونيكس و لينوكس مي باشد كه به كاربر اجازه مي دهد فايل ها و دايركتوري هاي قاعده دار (داراي مجوز و حق مالكيت) و اسم فايل طولاني و ... داشته باشد. تنها تفاوت بين EX2 و EX3 در اين است كه سيستم فايل EX3 علاوه بر داشتن كليه خواص EX2، داراي خاصيت ثبت وقايع و ايجاد و سازماندي log مي باشد و اين امر موجب مي شود تا در زمان crash سيستم بتوان در كوتاهترين زمان ممكن، فايل ها را به حالت قبل از خرابي بازگشت داد.

پارتيشن هاي EX2/EX3 در ويندوز ديده نمي شوند، البته با نرم افزارهاي ويژه اي مي توان اطلاعات آن ها را خواند و يا تغيير داد و حتي با برخي نرم افزارها قادر خواهيم بود اين پارتيشن ها را به NTFS تبديل كنيم.

* پارتيشن Swap در لينوكس: پارتيشن Swap در سيستم عامل Linux تعريف می شود و توسط لينوكس به عنوان حافظه مجازي مورد استفاده قرار مي گيرد. حجم اين پارتيشن برابر مقدار RAM سيستم و يا در بهترين حالت 2 برابر آن تعيين مي گردد. اين پارتيشن حالت مجازي دارد بدين معنا كه در ساختار درختي فايل هاي linux ديده نمي شود، به عبارت ديگر نمي توان آن را به ساختار فايل لينوكس، mount كرد.

در پايان ذكر اين نكته ضروري به نظر مي رسد كه سيستم عامل هاي ديگري نيز وجود دارند كه هر كدام از فايل سيستم هاي مخصوص به خود استفاده مي كنند. در برخي از اين سيستم عامل ها پارتيشن به صورت مجزا مفهومي ندارد مانند linux كه از يك ساختار درختي بهره مي برد و كليه پارتيشن ها و دايركتوري ها به صورت شاخه اي به ريشه (root) وصل مي شوند و يا در novel netware كه به جاي پارتيشن از مفهوم volume استفاده مي شود.